在東京灣建立了一座巨大設施「海之邊緣（Edge of Ocean）」，並於5月1日展開東京高峰會，那天出動了約有2萬2000名的警力進行維安，但在某一天卻突然發生了一場爆炸事故。 那個時候，操縱著全國公安警察隸屬於警察廳的秘密組織．通稱「零（Zero）」所屬的安室透，在那裡出現了身影。然而他的身份是，毛利小五郎旗下弟子的私立偵探「安室透」、臥底於黑暗組織的成員「波本」，以及真實身分為公安警察的「降谷零」，持有著三個面相的重要人物。 江戶川柯南對於這起案件的時間點感到懷疑，發生的時間並不是當天而是之前所發生的。然後開始進行極密行動的安室透，使得江戶川柯南感受到重重的違和感。而在爆炸事件現場的證物指紋採集作業中，發現到那遺留在證物上的指紋，居然與毛利小五郎的指紋一致！ 毛利小五郎被警方以爆炸案的嫌疑人給逮捕。為了釐清真相並洗清毛利小五郎的冤罪，江戶川柯南便開始調查這起事件，但是被原本屬於正義的一方的安室透給阻止。 這起事件的陰謀究竟是？ 圍繞著這起無法理解的案件，以及當作是嫌疑人而逮捕的毛利小五郎，江戶川柯南將與安室透和公安警察進行對峙。 存在神秘感的安室透，他究竟是正義的友方？還是充滿敵意的敵方？開始倒數計時的「極密行動」所引導的是「那個時候」。